Le Haut Conseil de la santé publique préconise une évaluation du dispositif « Mon bilan prévention » qui serait menée en trois temps distincts :

• une première évaluation qualitative sur une logique de type ex ante autour des critères d’acceptabilité et de faisabilité, à réaliser rapidement (dans la première année de vie du dispositif) ;
• une seconde évaluation quantitative et avec des focus qualitatifs de type in itinere, qui pourrait être mise en place dès maintenant en prévoyant 1 à 2 focus qualitatifs par an (en continu) ;
• une évaluation à plus long terme, centrée sur les changements de comportements des patients et des professionnels, à cet effet, le HCSP souligne l’importance de la conservation des données évaluatives (y compris qualitatives).

Les échanges avec les parties prenantes ont permis de dégager six enseignements clefs suivants : 

1. Une nécessité d’engager dès que possible une évaluation ex ante portant notamment sur l’acceptabilité et la faisabilité du dispositif 
2. Un suivi du déploiement du dispositif devant reposer sur un nombre limité d’indicateurs d’activité et des analyses qualitatives ciblées
3. Une évaluation ex post sur les modifications comportementales des usagers et des professionnels de santé
4. Un questionnement sur l'opportunité et la pertinence d'engager des travaux d’évaluation de nature médico-économique
5. Une réflexion nationale est à mener pour faire évoluer les bases de données / systèmes d'information pour compléter l'évaluation en continu du dispositif
6. Une vigilance particulière à porter à l’impact du déploiement du dispositif sur les inégalités